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1241年冬，远在匈牙利的拔都听闻窝阔台大汗去世的消息，随即下令从欧洲撤军，长子西征结束。
窝阔台在任内延续了成吉思汗南下进攻金国的步伐，灭金后完全占据了中原地区；在西南方向，他派出蒙古大将绰儿马罕攻击在波斯地区复辟的花剌子模，初步统治了波斯地区；在西部，他发动长子西征，成吉思汗的孙辈们占领钦察草原，甚至一度深入中欧腹地。
窝阔台逝世后，根据其遗志，三子阔出的长子——失烈门将是自己的继承人。然而窝阔台遗孀乃马真想让自己的亲生儿子贵由继位，所以她不断延长自己摄政的时间，通过贿赂和威胁的手段，终于在摄政的第五年推举了自己的亲生儿子——贵由为蒙古大汗。
贵由曾经侮辱过拔都，因此拔都坚决反对贵由，没有参加推选贵由的忽里勒台大会，如今贵由继位了，他就更不想回到蒙古了，独立建国成为他的选择。贵由继承大汗的第二年，他准备攻打西边的拔都，拔都也做好了迎战的准备。眼看蒙古帝国的第一次内战就要爆发了，然而贵由却因为酗酒或者纵欲的原因死在了前往钦察汗国的路上。
在术赤系和拖雷系的支持下，拖雷的长子蒙哥继位为大汗。蒙哥上台之后，他处死贵由的皇后海迷失、贵由的儿子脑忽、窝阔台孙子失烈门、察合台儿子也速蒙哥和孙子不里以及他们的众多支持者，流放贵由的儿子忽察，基本扫清了试图谋反的窝阔台系和察合台系势力。
游牧族群古往今来一直面临一个“继承者危机”，每当领导者去世其内部就会引发巨大的变故。之所以会有这种危机，是因为游牧族群没有像农耕族群那样确立起稳定的嫡长子继承制，而且幼子守灶、长子远出的习俗导又致地方势力做大，兄终弟及和先皇遗志不能反映真实势力而往往被后代所抛弃，极易政权的分裂。因此作为游牧族群的代表蒙古帝国，它的历史也都受限于其领导人的能力和各部族互相的共识。
这几个势力中，旭烈兀距离遥远、钦察汗国独立已久、窝和察两大汗国势力羸弱，因此忽必烈与阿里不哥成为大汗之位的两大竞争者。
谦谦州的偏僻加上其他三大汗国的支持让阿里不哥勉强维持了和忽必烈的均势。然而察合台汗王阿鲁忽的倒戈使得阿里不哥和忽必烈之间的实力对比发生了改变，阿里不哥无法应对东西两面的夹击，最终与忽必烈对抗四年后投降于忽必烈。
海都出兵攻打忽必烈控制的蒙古故地，骚扰了正在全力攻宋的元军。此外作为察合台汗国的宗主国，他还控制了察合台汗国东部的大片领地，让察合台汗国向南攻打忽必烈的支持者伊尔汗国。到忽必烈晚年的时候，海都不仅从察合台汗国处得到了喀什噶尔和伊犁等到领土，还将元朝的势力赶出了天山地区。
昔里吉叛乱四年后的1287年，乃颜（成吉思汗幼弟铁木哥后裔）反叛，他以蒙东呼伦贝尔为大本营，联合势都儿（拙赤哈撒儿后裔）、哈丹秃鲁干（合赤温后裔）等其他成吉思汗兄弟的后裔反抗中央，这一次忽必烈亲征东北，捉拿了乃颜，到1292年时基本扫清了东道诸王的反叛。
但是对蒙古帝国而言，忽必烈的继位却使得蒙古帝国土崩瓦解，他的骑兵再也没有越过天山山脉。忽必烈生前最大的敌人——海都，在忽必烈去世后依然在攻击元朝西北地区。
从窝阔台汗国灭亡可以看出来，其实蒙古帝国这次只是“名义上的统一”，各国之间似乎是达成了一个默契，肢解了原本称霸中亚的窝阔台汗国。各国其实也已经走上了各自的发展道路，血缘不断疏远以及各汗国不断的“本地化”使得蒙古帝国已经无法真正的统一在一起了。
元朝另外一个汉化的举措就是为前朝修史。历史上的各个中央之国为了表明自己继承的合法性，都要给前朝修史。元朝面临着到底是给宋辽金中的哪个国家修史的问题，最终他们决定——都修！不否定从东北进入中原的游牧族群辽金，也不否认被赶往南方的中原政权宋朝，认为这三个国家都是正统。这样也就让自己在中央之国的历史中获得了合理合法的地位，也表面元朝的蒙古人在走向定居化的道路。
钦察汗国的伊斯兰化是渐进的，早于蒙古人来到中亚、东欧的突厥人已经伊斯兰化了。但由于钦察汗国广阔平坦的地形让蒙古统治者能够相对较长期保持游牧的传统，蒙古人有了更多的时间稳固统治。但是随着蒙古人的突厥化，伊斯兰化也成为了必然。到月即别时期（1312-1340年），钦察汗国完全确立起伊斯兰的信仰。
让伊尔汗国发生转变的是1295年上台的合赞。他为了争夺王位而改宗伊斯兰教，因此得到了广大伊斯兰势力的支持，在上台后他强力推行伊斯兰教律法，甚至禁止蒙古传统习俗，合赞之后的继任者完者都、赛义德也坚定的执行伊斯兰化的政策。因为蒙古人在伊尔汗国内部毕竟属于极少数，当他们完全伊斯兰化和定居化后，蒙古统治阶层就完全被吞噬了，伊尔汗国在赛义德之后陷入了分裂，仅仅维持了79年。
各国中，钦察汗国因为地形平坦、草原广阔的原因保持了长期的游牧传统，其本地化的过程相对较慢，时间也较长的；伊尔汗国因为整体处于高原、缺乏大型的游牧条件，这让蒙古统治者一开启本地化的阀门就迅速的融入到穆斯林群体中，也迅速的导致了汗国的分裂和灭亡；元朝也采取了汉化的政策，但因为自身较大的规模性，兼具了中原和蒙古这两块不同属性的区域，使得统治者可以切换治理方式，一定程度上维持帝国的稳定。
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察合台汗国主要涵盖了天山山脉南北区域，其中西部的河中地区因为有中亚两大河的滋润，主要是以定居族群为主，形成了不花剌（布哈拉）、撒麻耳干（撒马尔罕）两大商业城市。而东部的伊犁和天山地区因为草原广阔、更加靠近蒙古核心区，所以更多的保持着游牧的习俗。东西两部分生活习惯的不同，慢慢开始影响察合台汗国内部的政治格局。
然而到了第17代汗王、都哇的小儿子答儿麻失里时期（1330-1334年），他开始长期的驻扎在河中地区，着重发展汗国西部的商业，并且他还宣布伊斯兰教为国教，推行伊斯兰律法。这样抛弃蒙古传统的决定让东部游牧族群非常不满，答儿麻失里之后，察合台汗国陷入了混乱之中，汗王不断更换。
帖木儿上台后除了关注河中地区外，也希望能整合原本的察合汗国故地。此时的东察合台汗国也已经由朵豁剌惕家族的扎马鲁丁篡位，他也同同样记着察合台汗国原本的领地。因此这一东一西的两大篡位者不约而同的瞄准了对方。
双方的战斗不可避免，从喀什噶尔到费尔干纳，从伊塞克湖再到七河牧区，双方在天山南北斗争了20多年，虽然帖木儿占据优势，但是依然无法完全战胜扎马鲁丁。
扎马鲁丁在1389年去世，他的后代拥立秃黑鲁帖木儿之子黑的儿火者为可汗，帖木儿抓住这一机会，一举摧毁了东察合台汗国的首都阿里麻里。黑的儿火者不得不和帖木儿议和，将首都东迁到了准噶尔盆地南部的别失八里，此后虽然东察合台汗国依然占据着伊犁地区，但已经放弃了统一东西察合台汗国的想法了。
1368年正月，朱元璋在南京称帝，建立大明王朝，之后他发动北伐，攻占元大都和元上都，占领了广大中原地区。和中亚地区的帖木儿帝国类似，明朝也是以定居为主的族群，他们几乎在同时打破了蒙古人的统治。
瓦剌的主体是曾经成吉思汗时期征服的“林中百姓”，他们占据的是谦谦州（唐努乌梁海）附近的叶尼塞河上游地区，那里一直是边缘蒙古人的聚居地。不管血缘上与正统的蒙古人关系如何，这里至今都是完全蒙古化的区域。
鞑靼重新强大将瓦剌赶回了蒙古高原西北部，于是瓦剌逐渐向西往察合台汗国方向发展。此时的东察合汗国已经从统一的别失八里演化成吐鲁番、伊犁和南疆各势力混战的阶段，瓦剌借此机会占领了北疆地区，而南疆和东疆地区则由察合台后裔整合为完全伊斯兰化的叶尔羌汗国。
1381年，在帖木儿的帮助下，脱脱迷失统一了钦察汗国，将汗国分裂的东西区域重新统一在一起。但是此时的脱脱迷失对帖木儿的态度却突然发生了转变，甚至在统一钦察汗国后发动了对帖木儿的战争，攻打了帖木儿帝国的核心区——河中地区。气愤的帖木儿发动了对钦察汗国的战争，他在1395年直接摧毁了钦察汗国的首都别儿哥萨莱，这也导致了钦察汗国群龙无首的局面。
以蒙古人自居的帖木儿，万万没想到自己不仅是察合台汗国的掘墓人，也成为了钦察汗国分裂的重要因素之一。
至此，东亚在元廷北迁后分化为鞑靼和瓦剌两大势力，察合台后裔则坚守着南疆这最后一块故地，南俄草原上的金帐汗国分裂为数个小汗国，白帐和蓝帐人则占据了中亚的大片土地。
当时的蒙古大汗是成吉思汗的嫡系后裔、达延汗的七世孙——林丹汗，虽然贵为大汗，但他只能统领察哈尔部，科尔沁、土默特、喀尔喀等部都已经各自为政了，更不要说漠西的瓦剌后裔卫拉特诸部了。
不断强大的准噶尔部向西侵占了哈萨克汗国的七河地区、向南灭亡了处于南疆地区的叶尔羌汗国、向东攻打喀尔喀蒙古，甚至还曾灭掉了处于西藏的和硕特汗国，争霸内亚地区。
从喀山汗国1445年立国开始就一直同西北部的俄国人攻伐不断，到1552年伊凡雷帝才完全占领了喀山汗国。此后伊凡雷帝继续占领西伯利亚汗国和阿斯特拉罕汗国，基本控制了东欧金帐汗国区域。在此时，钦察汗国主要生活的保加尔人、突厥人等游牧族群，加上部分的蒙古人，他们开始融合成后来在俄国南部广泛分布的鞑靼人。
在17世纪第一波征服远东的过程中，俄国人还在1664年征服了贝加尔湖南岸的蒙古边缘部落布里亚特，试图从北部打开入侵蒙古高原的入口。
沙俄在1771年部分土尔扈特部回归中国后吞并了卡尔梅克汗国，在1783年奥斯曼帝国衰弱后吞并了克里米亚汗国，之后的19世纪逐步入侵中亚的哈萨克汗国、浩罕汗国、布哈拉汗国和希瓦汗国。同时还从衰弱的大清手上抢得了唐努乌梁海地区，策动了外蒙古的独立。
蒙古政权给中原族群带来了什么？它不仅仅带来了一条多民族共存的“西北民族走廊”（详见文章《历史的年轮》），它更带来了一种全新的更广阔的世界观，中原族群的文明体系成为了这个更大的世界秩序之下的一个部分。
蒙古政权给世界带来了什么？这一时期出现了柏朗嘉宾、鲁布鲁克、马可·波罗、孟高维诺、鄂多立克、白图泰、亦黑迷失、杨庭壁、拉班·扫马、阔阔真公主、汪大渊等一大批沟通东西的著名人物。他们或是西来的传教士，或是西去的外交官，或是民间的探险者，他们通过陆上和海上丝绸之路把当时已知的各大文明直接的连接在了一起。
在欧洲人开辟新航线之前，在古典时期的最后阶段，陆上和海上丝绸之路在蒙元时代重新繁荣了起来，蒙古人搭建起了连接东亚、中亚、西亚、欧洲等区域的交流和贸易网络，西欧人也深深的种下了对于东方和财富的向往。
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